W bioterapii klasycznej, w jej podstawowej formie, diagnozowanie sprowadza się do lokalizacji zaburzeń energetycznych głównie za pomocą wahadełka lub dłoni. Terapia obejmuje likwidację tych zaburzeń m.in. poprzez oczyszczenie, doenergetyzowanie, usprawnienie przepływu energii i zrównoważenie energetyczne. Jest to metoda nastawiona na leczenie objawowe, a przy tym skuteczna i przyjazna choremu.

W medycynie energetycznej diagnoza obejmuje objawy i przyczyny choroby. Sama lokalizacja zaburzeń energetycznych, jest niewystarczająca, by wyeliminować chorobę. Sięga się więc głębiej, w łańcuch przyczynowo-skutkowy, dociera do przyczyn choroby, np. do systemu meridianowego i subtelnych planów aurycznych, uwzględnia założenia systemowe medycyny chińskiej, tybetańskiej, ajurwedyjskiej, bez kompleksów stosuje się osiągnięcia współczesnej medycyny naukowej. Jest to więc terapia komplementarna, a nie alternatywna.
Medycyna energetyczna próbuje znaleźć dla siebie miejsce w szeroko rozumianym systemie opieki zdrowotnej, zwanym medycyną zintegrowaną.

Teoretyczny model medycyny energetycznej jest również modelem energetycznym, rozumianym jednak bardzo szeroko i wielopoziomowo, łącznie z energetyczną koncepcją życia, pól morfogennych i duchowego wymiaru egzystencji człowieka. W diagnozowaniu i leczeniu terapeuta stosujący zasady medycyny energetycznej posługuje się modelem radiestezyjnym w takim zakresie i na takim poziomie, na jakim jest najbardziej przydatny i najmniej zawodny.

Gdy przyczyny choroby sięgają planów przepływu energii stanowiących podstawę do manifestacji subtelnych stanów umysłu, medycyna energetyczna bardzo mocno uwzględnia aspekt psychologiczny. Szuka przyczyn choroby w sferze psychosomatycznej, emocjonalnej, mentalnej i duchowej.

W terapii uwzględnia się rolę emocji i uczuć jako czynników destabilizujących zdrowie człowieka, bierze pod uwagę jego nawyki oraz nawykowy sposób działania i myślenia, determinanty osobowości, poczucie własnej tożsamości itp.

Zaletą medycynie energetycznej jest więc to, że w diagnozowaniu i terapii sięga głębiej i dalej – do planów bardzo subtelnych, posługuje się wiedzą na ich temat, rozumie, dlaczego tak się dzieje. W bioterapii natomiast decydują odczucia i intuicja, nie szuka się przyczyn odczuć, naszym działaniem kieruje głównie intuicja.

Medycyna energetyczna, rozpatruje powiązania i współzależności między anatomiczną i fizjologiczną budową człowieka a wewnętrznym systemem energetycznym, subtelnymi planami, elementem woli itp.

Wielu bioterapeutów już pracuje na tych wyższych poziomach energetycznych, rozumie i stosuje zasady medycyne energetycznej energetycznej. Jednak opracowanie jej podstawowych założeń, spójnej metodologii, koncepcji kształcenia i zasad naukowej weryfikacji wymaga zbiorowego wysiłku wielu ludzi oraz współpracy ze światem nauki.

W medycynie energetycznej ważnym elementem terapii jest nawiązanie dobrego kontaktu z klientem i uświadomienie mu jego aktywnej roli w procesie leczenia. Dzięki samouświadomieniu problemu bierze on czynny udział w walce o swoje zdrowie.

Rozpoznając chorobę w jej przedklinicznej fazie rozwoju, terapeuta stosujący zasady medycyny energetycznej może wychwycić długotrwałe czynniki stresogenne wpływające na zdrowie człowieka.

Opiera się przy tym na koncepcji energetycznego modelu życia. Ujmując człowieka całościowo, uzmysławia choremu wagę zharmonizowania się systemie samym sobą systemie światem zewnętrznym. Dostarcza mu wiedzy na temat czynników warunkujących jego chorobę, dzięki czemu chory może aktywnie uczestniczyć w procesie terapii.

Świadomość chorego bierze czynny udział w przywracaniu porządku energetycznego na wszystkich dostępnych mu poziomach energetyczno-mentalnych.

Zdarza się, że terapeuta musi odblokować choremu poziomy energetyczne. W bioterapii zaś ten aspekt jest mało znany, bioterapeuta skupia się bardziej na samej terapii.

Jednym z ważniejszych założeń medycyny energetycznej jest zrównoważenie energii możliwie na wszystkich poziomach wibracji (homeostaza), czego efektem ma być powrót do zdrowia.

Generalnie medycyna energetyczna prowadzi do umiejętności poruszania się we wszystkich dostępnych poziomach energetycznych chorego.

Opierając się na pozyskanych z nich informacjach dotyczących zakłóceń oraz dzięki swojej wiedzy i rozumieniu, że przyczyny zaburzeń nie muszą być związane z osobą klienta, ale z czynnikami zewnętrznymi wpływającymi na jego energetykę i zdrowie – terapeuta dociera do pierwotnej przyczyny (pierwotnych przyczyn) choroby.